1990.gads
2.februāris Zasulauka depo saņem pirmo dīzeļlokomotīvi TEP70 nr. 200
4.maijs Latvijas Republikas Augstākā Padome pieņēma Neatkarības deklarāciju. Dzelzceļa struktūru pārņemšana no Savienības pakļautības sākās tikai pēc augusta puča 1991.gada augustā.
1991.gads
elektrificēts dzelzceļa posms līdz Skultei
2.septembris ar Satiksmes ministra J.Janovska pavēli Nr.99 nodibināts valsts uzņēmums "Latvijas dzelzceļš", kas uzskatāms par 1919.gadā dibinātā uzņēmuma turpinātāju. Tajā ietilpa Baltijas dzelzceļa Rīgas un Daugavpils dzelzceļa nodaļas un citas LR teritorijā izveidotās Baltijas dzelzceļa struktūras.
3.septembris par "Latvijas dzelzceļa" priekšnieku tika iecelts Staņislavs Baiko
4.septembris izveidota dzelzceļa pārņemšanas komisija, kurā Latviju pārstāvēja Dzelzceļa departamenta direktors E.Lazdiņš, Galvenās Ekonomikas pārvaldes priekšnieks V.Nazarovs, Latvijas dzelzceļa priekšnieks S.Baiko, Rīgas dzelzceļa nodaļas priekšnieks M.Jagodkins.
1992.gads
1.janvāris PSRS Satiksmes ministrs izdod rīkojumu par galīgu Baltijas dzelzceļa likvidāciju
1994.gads
1.janvāris tiek nodibināts un savu darbu uzsāka valsts a/s "Latvijas dzelzceļš". Par tā prezidentu ieceļ Vitoldu Kūliņu
6.septembris Andri Zorgevicu ieceļ par valdes priekšsēdētāju, ģenerāldirektoru